住宅に関する「登録免許税」「不動産取得税」「固定資産税」に、それぞれ特例が適用されています。

所有権保存登記・所有権移転登記など住宅用家屋の登録免許の税率は、本則より引き下げられています。保存登記の場合、本則は0.4％ですが、一般住宅は0.15％、長期優良住宅と認定省エネ住宅は0.1％です。ただし、一般住宅は2013年3月31日まで、長期優良住宅と認定省エネは2014年3月31日までの措置。なお、抵当権設定登記はすべての住宅について2013年3月31日まで本則0.4％が0.1％に引き下げられます。

家や土地の購入・建築・増改築時にかかる不動産取得税は、新築住宅であれば課税標準（固定資産税評価額）から1200万円（長期優良住宅は1300万円）が控除されます。

また、不動産取得後に毎年かかる固定資産税については、新築住宅に限り３年間、税額が1/2に減額される措置があります。長期優良も減額内容は同じですが、適用期間が５年に延長されます。

住宅を買い替えた時に譲渡益、あるいは譲渡損が生じた場合にも2013年末まで課税の特例措置があります。